Die älteste Erwähnung einer Kapelle von Ingenbohl geht in das Jahr 1387 zurück. Die zu Schwyz gehörende Kapelle war bis zum Anfang des 13. Jahrhunderts St. Pantaleon geweiht, dann St. Leonhard. 1479–1481 wurde an derselben Stelle ein Neubau erstellt. 1607 erfuhr diese Kapelle eine Vergrösserung und 1613 wurde der Friedhof angelegt. Seit 1618 ist Ingenbohl eine eigene Pfarrei. Von 1658–1661 erfolgte der eigentliche Neubau der Pfarrkirche.
1832 erfuhr der Kirchturm eine Renovation. 1927 wurde eine neue Vergrösserung und umfassende Renovation durch Architekt Josef Steiner in Schwyz vorgenommen. Mit dem Neubau der Kirche von 1658–1661 wurde das Beinhaus erstellt.